Twee belangrijke uitgangspunten van orthomoleculaire behandelwijzen zijn de volgende:

Vitamines kunnen gebruikt worden bij de behandeling van een grote reeks condities die niet beschouwd worden als deficiëntieziekten. Dit in tegenstelling tot het huidige systeem, waarin vitamines enkel worden gebruikt om klassieke deficiëntieziektes te voorkomen.

Er worden zogenoemde ‘optimale’ doseringen gebruikt, die aanmerkelijk hoger liggen dan die aanbevolen worden volgens het huidige systeem, waarbij vitamines enkel nodig zijn ter preventie van deficiëntieziekten.

Omdat in de orthomoleculaire visie vaak hoge doseringen vitamines nodig zijn, wordt in de orthomoleculaire behandelwijzen veel gebruikgemaakt van voedingssupplementen.

Orthomoleculaire behandelaars gaan ervan uit dat voedingsstoffen beter in de stofwisseling passen dan geneesmiddelen. Het argument hiervoor is dat het lichaam in de loop van de evolutie met voedingstoffen vertrouwd is geraakt, iets dat niet geldt voor de geneesmiddelen, die door de farmaceutische industrie zijn ontwikkeld. De orthomoleculaire leer gaat overigens niet voorbij aan het belangrijke gegeven van de toxicologie dat alle stoffen per definitie schadelijk kunnen zijn, afhankelijk van onder meer dosis, concentratie, toedieningsweg en fysische toestand. Dit is een gegeven waar iedere geneeskundige altijd rekening mee moet houden.

Orthomoleculaire behandelaars hebben een heel eigen standpunt inzake milieuverontreiniging. Vervuiling van lucht, water en grond zouden resulteren in een toxische belasting van het lichaam, waardoor volgens orthomoleculaire therapeuten meer behoefte bestaat aan bepaalde voedingsstoffen. Bijvoorbeeld bij stapeling van hormoonverstorende stoffen zoals pcb’s, zou het zin hebben het lichaam nader te ondersteunen. Door kunstmest zou vrijwel alle zink uit de bodem zijn verdwenen, dus hoe goed het ook is om veel verse groente te eten, of iemand daarmee ook voldoende zink binnenkrijgt, is volgens hen de vraag.

Een aanvullend idee van de orthomoleculaire behandelwijzen is dat er verschil gemaakt kan worden tussen lichaamseigen stoffen, die het lichaam “ondersteunen” en het lichaamseigen natuurlijke genezingsproces stimuleren versus lichaamsvreemde stoffen, die een afweerreactie van het lichaam zouden oproepen.